L'application de patchs et de mises à niveau ThinApp ne fonctionnent pas par remplacement du fichier .exe d'origine, mais par ajout d'un conteneur principal. Lorsque l'exécutable d'origine est exécuté, il recherche les conteneurs les plus récents (s'il y en a) et utilise le tout dernier, quel qu'en soit le contenu.
Prenons pour exemple les packages ThinApp suivants :
Lorsqu'il existe, ce package est exécuté à la place de winrar.exe.
Il prévaudra sur winrar.exe, winrar.001, etc..
Etant donné que le package ThinApp d'origine exécutera toujours la dernière mise à niveau (sauf si les packages de mise à niveau sont supprimés de ce répertoire), l'analyse de signatures détectera uniquement la dernière version du package ThinApp.
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